DirectXだけでなく、OpenGLでも同じだと思いますが。

・ウィンドウサイズ
CreateWindow()においてピクセル単位で指定する。

・バックバッファサイズ
CreateDevice()の引数であるD3DPRESENT_PARAMETERSのBackBufferWidthとBackBufferHeightで指定する。
ウィンドウサイズと同じにしないと、後述するビューポートの設定で混乱する。

・ビューポート
バックバッファ中の描画対象領域を指定する。
ウィンドウサイズとバックバッファサイズが同じであれば、ピクセル単位で設定すればよい。
ビューポートをいじっても描画内容自体は変わらない。指定されなかった領域に描画されないだけ。

・トランスフォーム済み頂点(D3DFVF_XYZRHW)
2D描画の場合は、トランスフォーム済み頂点(D3DFVF_XYZRHW)を用いる。
これで、頂点座標がトランスフォーム済み(スクリーン座標)として扱われる。

・UV座標
テクスチャのうち描画する領域を指定。
左上が(0,0)、右下が(1,1)。

・ポリゴン頂点座標
指定した大きさのポリゴン全体に、UV座標で指定した領域のテクスチャが貼られる。
トランスフォーム済みなので、ポリゴンの大きさ=バックバッファに描かれるテクスチャの大きさとなる。
バックバッファ(ビューポート)よりポリゴンが大きいこともあり得る。
その場合は(当然の帰結として)テクスチャの一部が描画されることになる。