「Windows+VisualStudioで開発してるけど、Linuxでも実行したいし、うまくいかなければEclipse+CDTでデバッグしたい。とはいえ、VisualStudio用のファイルとEclipse用のファイルの両方を用意するのは面倒」

そんな場合にCMakeを使って、ソースファイルを共通化する方法を紹介します。

例として、main.cpp, hoge.h, hoge.cppの3つのファイルから成るプロジェクトを取り上げます。
hoge.hで宣言、hoge.cppで定義されている関数を、main.cpp内のmain関数で呼ぶ想定です。

・CMakeの使い方
CMakeの使い方については、以下のページがわかりやすいです。
http://www.wakayama-u.ac.jp/~chen/cmake/cmakecxx.html

今回の例では、CMakeLists.txtに最低限以下の記述をするだけで大丈夫です。
add_executable (hoge main.cpp hoge.h hoge.cpp)

・Windows+VisualStudio
上記ページの通りに実行するだけです。

・Linux+Eclipse
デバッグ実行できるよう、以下のオプションでcmakeを実行します。
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug ./
その後、Eclipseで以下のようにプロジェクトをインポートします。

新規→C/C++→Makefile Project with Existing Code→次へ
Existing Code Locationに、コードとMakefileのあるフォルダを指定→完了

なお、CMakeLists.txtが無くて、(他人が作った)Makefileだけがある場合は、
CMakeCache.txtのCMAKE_BUILD_TYPE:STRING=の後にDEGUGと記入すれば
デバッグビルドできるっぽいです。

これでビルド・実行・デバッグができるはずです。
以上です。