混乱したので整理してみました。

無題

glOrtho()で、near=-1, far=1に設定したとします。
すると、前方面のz値=-near=1, 後方面のz値=-far=-1となります。
OpenGLは手前側がz軸の正方向なので、正負が入れ替わるのですね。
一方、デプスバッファの値(デプス値)は、前方面のデプス値が0, 後方面のデプス値が1となるように書き込まれます。
ですので、例えば、頂点1のようにz=0.5の頂点を描画すると、デプス値は0.25になり、
頂点2のようにz=-0.5の頂点を描画すると、デプス値は0.75となります。

参考ページ
http://d.hatena.ne.jp/tueda_wolf/20110726/p1

以上です。